孙恩（309年～402年），字灵秀，东晋时人，祖籍山东琅琊（今山东胶南、诸城），东吴宗室孙秀之后，世奉五斗米道。399年起兵反晋，402年败死，余众由孙恩妹夫卢循领导，世称“孙恩卢循之乱”。

　　孙恩叔父孙泰师事钱塘（今浙江杭州）人杜子恭，有秘术，继子恭为五斗米道教主，教徒广布于南方，固有反意。

　　隆安二年（398年）会稽内史谢輶揭发孙泰造反的阴谋，十二月，司马道子诛杀孙泰，众“闻泰死，惑之，皆谓蝉蜕登仙”，孙恩等余众流亡舟山群岛。

　　隆安三年（399年），司马元显“纵暴吴会，百姓不安”，孙恩率众登陆浃口（今镇海口），攻克会稽（今浙江绍兴），王羲之次子王凝之被杀，自号征东将军，徒众为“长生人”。朝廷遣徐州刺史谢琰与都督吴郡军事刘牢之前往镇压。

　　隆安四年（400年）五月，孙恩部攻余姚，破上虞，抵山阴县北之邢浦，杀谢琰。转战吴越，一时民涌俱起，从者数十万。会稽内史王凝之、中书郎孔道等皆被杀。后为刘牢之所挫。孙恩又逃入海岛。后数次登陆，历经数十战，孙恩攻临海（今属浙江），有临海人周胄率众响应。

　　元兴元年（402年）三月，为临海太守辛景所败，孙恩投海而亡，徒众谓恩已成“水仙”，投水相殉葬者百数人。

　　孙恩之乱给了朝廷很大的打击。其间都督军事的谢氏家族成员谢琰因骄傲大意而兵败被杀，从此门阀士族彻底退出重要的军事职位，给刘牢之、刘裕等次等士族出身的将领提供了机会。动乱之后，地方上的百姓都盼着官军早点过来收复失地，但没想到刘牢之的军队来了以后和孙恩一样大肆抢掠，百姓们失望至极，纷纷躲藏在外，各地郡县城中都见不到人影，过了一个多月才渐渐有人回来。一片兵荒马乱中，只有刘裕的部队军纪严明，秋毫无犯，一路上都受到百姓的欢迎。刘裕在战功和名望都蒸蒸日上，成了孙恩事件中最大的受益者。

　　孙恩除了会用宗教迷惑人以外，并没有多少才能和远见。他带领的军队一派流寇作风，到了一个地方，除了杀死地方官之外，就只会劫掠财物，烧毁仓库房屋，甚至于砍伐树木，填埋水井，完全是一个疯狂的破坏者形象。他出身于次等士族之家，本来就恨世家大族占据着高位，让他们难有机会进阶，所以对他们的屠戮也格外严重。如果孙恩的政治才能再高一些，他本来会有更大的作为。但他缺乏政治远见，也没有坚定的意志，这些都注定了他的事业不可能长久。